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使用RNA-seq進行基因組支架放置,校正裝配和遺傳
行業新聞 2018-12-20

       使用RNA-seq進行基因組支架放置,校正裝配和遺傳圖譜創建 

  蕪菁(Brassica rapa)是農業,生態,進化和轉化研究的模式物種。

  這里的研究人員來自加州大學戴維斯分校描述了從田間收集的RNA-seq數據衍生的蕓苔屬rapa重組近交系(RIL)群體的高密度SNP發現和遺傳圖譜構建。這種高密度基因型數據能夠檢測和糾正推定的基因組錯誤組裝,并將支架序列準確分配到它們可能的基因組位置。

使用RNA-seq進行基因組支架放置,校正裝配和遺傳圖譜創建

  這些組裝改進代表注釋的蕓苔屬rapa基因組的7.1-8.0%。他們展示了如何使用這種新資源導致QTL分析顯著改善目前的低密度遺傳圖譜。通過增加的繪圖分辨率和通過已知的基因組坐標錨定用于候選基因發現的標記來實現改進。

使用RNA-seq進行基因組支架放置,校正裝配和遺傳圖譜創建

  復合群體基因型圖譜與十條染色體中每條染色體的物理位置相對應。每個RIL表示為顯示從IMB211(橙色)或R500(藍色)遺傳的基因組區域的單行。小的雜合區域用黑色表示。

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