與其他單細胞分離技術相比，單細胞分選儀對具有特定生物屬性的細胞可以根據其熒光信號的強度來進行選擇，其對特定類型的單細胞獲取更準確。此外，液滴分析模式采用了32等份液滴分選模式，能夠實現液滴的準確分析，可以準確判斷相應液滴中目標細胞的數量，從而可以準確的完成單細胞的分離。
單細胞分選儀具有高速分析能力，可快速識別特定細胞，特別是對于低含量細胞的分離，分選速度快，可在短時間內完成多孔板的操作。另外，細胞分選儀可支持96孔和384孔板，對高通量需求的后期分析具有重要意義。
單細胞分選是應用微量吸液管分選細胞，微量吸液管的內孔徑在50~80um間，小微移液管可達亞微米級，主要用于大分子的分選操作。在虛擬培養皿中，熒光細胞被標記為綠色球，細胞可通過微吸液管進行提取；控制臺可通過物鏡環固定在物鏡上方，玻璃微吸管可固定在控制臺的中心光軸處。
通過微量吸液管頂部的LED光照射時，光可通過微量吸液管直接被引入物鏡中；通過手動調節彈簧旋鈕，微量吸管可以上下移動到物鏡焦點，培養皿可以水平移動，微量吸液管的上端通過柔性導管可連接到注射泵。
儀器通常配備多個激光器或多個光電倍增管，主要是用于收集和檢測不同的熒光信號，可以同時檢測樣本中的多個參數；主要適用于研究免疫學、神經生物學、干細胞等。
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